Trung tâm Giống và Bảo tồn nguồn gen Vi sinh vật (VCCM) được thành lập vào 01/01/2015 theo tiêu chí chuẩn Quốc tế với các hoạt động bảo tồn, lưu trữ, định danh, đánh giá, xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn gen vi sinh vật và kết nối với các Trung tâm nguồn gen vi sinh vật trong nước và Quốc tế. 

VCCM được trang bị với thiết bị hiện đại, đồng bộ và đội ngũ nhân lực được đào tạo, có kinh nghiệm trong lĩnh vực công nghệ vi sinh vật để đảm nhiệm các chức năng và nhiệm vụ trong các lĩnh vực sau:

• Thu thập, định danh và  bảo tồn chủng giống vi sinh vật;

• Xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn gen vi sinh vật;

• Hợp tác quốc tế trong lĩnh vực công nghệ sinh học vi sinh vật và các lĩnh vực khoa học khác có liên quan theo phân cấp chức năng của cơ quan chủ quản;

• Trao đổi chủng giống, nguồn gen vi sinh vật của Việt Nam với các tổ chức và cá nhân trong và ngoài nước phù hợp với các quy định quốc gia và quốc tế;

• Nghiên cứu phát triển kỹ thuật định danh và bảo tồn chủng giống vi sinh vật;

• Dịch vụ khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ sinh học vi sinh vật;

• Biên soạn  tài liệu, đào tạo nhân lực khoa học và công nghệ có trình độ cao về phân loại vi sinh vật, bảo tồn và lưu giữ chủng giống vi sinh vật, công nghệ sinh học vi sinh vật.

VCCM hiện đang bảo quản, lưu giữ hơn 5.000 chủng giống vi sinh vật (và cập nhật thường xuyên) - là kết quả từ các đề tài/dự án của các đơn vị, cá nhân thuộc Viện Hàn lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam - phục vụ công tác nghiên cứu, đào tạo, ứng dụng cũng như thương mại hóa các sản phẩm vi sinh vật trong lĩnh vực công nông lâm ngư nghiệp, y dược, quốc phòng an ninh và bảo vệ môi trường.

VCCM phát triển, cung cấp các dịch vụ liên quan đến nguồn gen vi sinh vật nhằm đáp ứng nhu cầu của các đơn vị, tổ chức, doanh nghiệp, trường học và cá nhân quan tâm đến dịch vụ.

Trung tâm là thành viên tích cực của Trung tâm Dữ liệu nguồn gen Vi sinh vật Thế giới (WDCM) và Mạng lưới ứng dụng Vi sinh vật Châu Á

Trung tâm Giống và Bảo tồn nguồn gen Vi sinh vật (VCCM) được thành lập ngày 01/01/2015 theo quyết định số 678/QĐ-CNSH của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học ngày 31/12/2014. Tiền thân của Trung tâm là Phòng Di truyền Vi sinh vật được thành lập năm 1993 do PTS.TS. Ngô Đình Bính làm Trưởng phòng. Dưới đây là tóm lược cơ cấu tổ chức, nhân sự và một số nét chính trong các giai đoạn:

 Từ 1993 – 7/2010: Phòng Di truyền Vi sinh vật do PTS. Ngô Đình Bính làm Trưởng phòng. Các hướng nghiên cứu chính tập trung vào: (1) Nghiên cứu đa dạng sinh học của vi sinh vật, đánh giá và khai thác nguồn gen vi sinh vật nhằm mục đích sử dụng trong nông nghiệp (thuốc sinh học trừ sâu và phân bón hữu cơ vi sinh), sản xuất công nghiệp (các chất có hoạt tính sinh học) và bảo vệ môi trường (xử lý các chất thải bằng phương pháp sinh học); (2) Ứng dụng sinh học phân tử và kỹ thuật gen để khai thác nguồn nguyên liệu di truyền, cải tiến các giống vi sinh vật, chuyển gen từ vi sinh vật vào các đối tượng khác phục vụ công nghiệp, nông lâm nghiệp và bảo vệ môi trường; (3) Ứng dụng các kỹ thuật gen để phát triển các bộ sinh phẩm (bộ Kit) phục vụ cho phân loại vi sinh vật và phát hiện nhanh vi sinh vật độc hại gây ô nhiễm đất, không khí, nước và thực phẩm.

Từ 7/2010-12/2014: TS. Lê Văn Trường được điều chuyển từ phòng Kỹ thuật Di truyền về làm Phụ trách phòng và Phó Trưởng phòng, phụ trách Phòng (1/2011-12/2014) thay cho PGS.TS. Ngô Đình Bính.

Từ 01/01/2015: Nhằm đáp ứng yêu cầu của nhiệm vụ và sự phát triển chung của Viện CNSH nói riêng và của Viện Hàn lâm KHCNVN nói chung, Viện trưởng Viện CNSH đã ra quyết định thành lập Trung tâm giống và Bảo tồn nguồn gen vi sinh vật (VCCM) trên cơ sở Phòng Di truyền Vi sinh vật và bổ nhiệm PGS.TS. Đồng Văn Quyền - Phó Viện trưởng làm Giám đốc Trung tâm và 02 Phó giám đốc là TS. Lê Thị Minh Thành và TS. Lê Văn Trường. Chức năng và nhiệm vụ của Trung tâm theo tiêu chí chuẩn Quốc tế với các hoạt động bảo tồn, lưu trữ, định danh, đánh giá, xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn gen vi sinh vật và kết nối với các Trung tâm nguồn gen vi sinh vật trong nước và Quốc tế.

Từ 01/02/2020 PGS.TS. Phí Quyết Tiến - Phó Viện trưởng được bổ nhiệm làm Giám đốc Trung tâm và TS. Lê Thị Minh Thành là Phó Giám đốc Trung tâm.